В исследовательском корабле «Осирис» команда сталкивается с неожиданной армией вторжения, и им приходится отчаянно сражаться с роботами-стражами, чтобы дать одному из членов возможность проникнуть в Матрицу и доставить предупреждение о грозящей опасности. В эпизодах «Второе возрождение» мы видим, как люди стремились создать идеальный искусственный интеллект, который в конечном итоге привёл к войне между людьми и машинами. Прибегнув к климатическому оружию, люди лишили роботов основного источника питания, но те нашли альтернативный источник – самих людей. В результате люди стали «живыми батарейками» в ловушке Матрицы. В эпизоде «Детская история» подросток осознаёт, что мир вокруг него – всего лишь генерируемое пространство Матрицы, а реальность оказывается в мире его снов. Исходя из этого, он начинает сопротивляться системе, помогаемый Нео. В симуляции, представленной в «Программе», главная героиня Сис оказывается в средневековой японской атмосфере. В эпизоде «Мировой рекорд» спортсмен Дэн прилагает сверхчеловеческие усилия в забеге, что приводит к его пробуждению в реальном мире. Однако он остаётся в контролируемой Матрицей среде, стремясь побороть систему. В «По ту сторону» девушка, ища пропавшую кошку, натыкается на странный дом, где происходят невероятные события. Одновременно Матрица замечает аномалию и посылает отряд зачистки. В «Детективной истории» частный детектив Эш пытается разгадать тайны Матрицы, встречаясь с Тринити и борясь с Агентами. В финальном эпизоде «Посвящённый» робот Раннер оказывается подключённым к Матрице во время войны между людьми и машинами, и сталкивается с непростым выбором между противостоянием и миром.
