Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

События фильма начинаются сразу после завершения строительства космического подъемника "Эндимион" в Академии-Сити. Главный герой Тома Камидзё и его верная подруга Индекс случайно сталкиваются с Арисой Мэйго, эспером нулевого уровня. Но вскоре становится ясно, что Арису преследует "Ассоциация магов" и угрожает безопасности города. Чтобы предотвратить катастрофу, Шатаура Секвенция собирает движение сопротивления, которое встает на защиту Академии-Сити. Однако, по мере развития сюжета, главные герои осознают, что Ариса - ключ к разгадке тайной войны между миром магии и науки. Стэйл Магнус предупреждает Тому и Индекс о том, что способности Арисы могут быть использованы для дестабилизации баланса сил. Теперь героям предстоит не только защитить Академию-Сити, но и предотвратить войну, которая может поглотить оба мира. В их руках судьба всей человечества, и они должны принять решение, которое изменит их жизни навсегда.