В далеком будущем человечество было вынуждено покинуть разоренную и отравленную Землю, отправившись в космос в надежде на лучшую жизнь. Однако, по неизвестным причинам, планы населения не сбылись, и людям пришлось вернуться на родную планету. Они обнаружили, что Земля стала непригодной для жизни, за исключением территории Японии, которая осталась относительно неповрежденной.
Для размещения всех выживших были созданы дополнительные зоны вокруг Японии. Чтобы сохранить культуру и историю человечества, начата была реконструкция прошлого по священной книге Завета. Однако, в 1431 году этой эпохи, население зон восстало и захватило Японию, превратив её в феодальное государство и вынудив коренное население покинуть свою родину.
В настоящее время, в 1648 году эры реконструкции, беженцы живут на гигантском городе-корабле, который странствует над опустошенным континентом бывшей Японии под наблюдением союза реконструкции. Слухи о грядущем апокалипсисе и войне гремят повсюду, и реконструкция временно приостановлена для выяснения судьбы мира после 1648 года.
Именно в этой напряженной обстановке Тори Аой, выдающийся студент и лидер академии Высшей Федерации, решает возглавить группу студентов с целью вернуть Японию под контроль коренного населения и восстановить историческое наследие страны. На фоне надвигающегося кризиса и неопределенности будущего, его решение приводит к серии увлекательных приключений, испытаний и битв за свободу и справедливость.